原告黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司（以下簡稱金某公司），住所地黃石市湖濱大道1639-8號。
法定代表人金明坤，該公司董事長。
委托代理人劉會清，湖北群力律師事務(wù)所律師。代理權(quán)限：一般代理。
被告黃石市萬利轉(zhuǎn)向器制造有限公司（以下簡稱萬利公司），住所地黃石市武漢路43號。
法定代表人王蓮芳，該公司董事長。
委托代理人趙文華、劉剛，湖北太圣律師事務(wù)所律師。代理權(quán)限：一般代理。

原告金某公司訴被告萬利公司合資合作開發(fā)房地產(chǎn)合同糾紛一案，本院曾于2013年5月9日立案受理后，依法組成合議庭適用普通程序公開進(jìn)行了審理。于2014年5月6日作出判決，后被告萬利公司不服該判決遂上訴于黃石市中級人民法院，該院審理后于2015年12月29日作出裁定，認(rèn)為“原審判決書認(rèn)定金某公司已繳納稅款金額事實(shí)不清，證據(jù)不足，導(dǎo)致計(jì)算金某公司為萬利公司代為墊付稅款的具體金額依據(jù)不足”。故依法撤銷黃石市西塞山區(qū)人民法院（2013）鄂西塞民初字第00559號民事判決，本案發(fā)回黃石市西塞山區(qū)人民法院重審。本院于2016年1月11日重審立案后，依法重新組成由審判員劉天躍擔(dān)任審判長與人民陪審員徐燕萍、程良軍組成合議庭，適用普通程序于2016年4月7日、2016年4月29日和2016年5月17日公開進(jìn)行了審理。原告金某公司的委托代理人劉會清，被告萬利公司的委托代理人趙文華、劉剛到庭參加了訴訟。本案現(xiàn)已審理終結(jié)。
經(jīng)審理查明，2004年1月6日，原告金某公司與被告萬利公司簽訂《改建工程開發(fā)協(xié)議書》，約定：本工程位于黃石市武漢路43號，為一幢十五層綜合樓；由甲方（即被告）提供合法有效的建設(shè)用地及相關(guān)法律文件，乙方（即原告）提供建設(shè)資金及技術(shù)，按市規(guī)劃建設(shè)局及相關(guān)部門批準(zhǔn)的規(guī)劃設(shè)計(jì)藍(lán)圖聯(lián)合開發(fā)建設(shè)本工程；一至三層為商業(yè)用房，甲方分得該綜合樓以武漢路為軸線，靠東南方向18米長門面房，乙方分得該綜合樓以武漢路為軸線，靠西北方向18米門面房；四至十五層為住宅，其中甲方分得十二至十三二層，其余歸乙方所有；甲方負(fù)責(zé)辦妥土地出讓金減免手續(xù)，如未辦妥，則土地出讓金由甲方承擔(dān)。除上述費(fèi)用外，本工程的所有前期稅、費(fèi)均由乙方交納（甲方分得房屋的后期稅、費(fèi)，乙方不承擔(dān)）；鑒于甲方要拆除本工程的舊房，乙方借給甲方人民幣1000000元以作搬遷費(fèi)用。借款由甲方負(fù)責(zé)償還，還款從甲方應(yīng)得的房屋銷售款中扣回，不夠部分甲方負(fù)責(zé)償還，銷售住宅樓款的多余部分全部入甲方財產(chǎn)。還款時間最遲為本工程竣工后一年內(nèi)；為本工程順利建成，乙方于2004年1月8日支付甲方500000元訂金，在工程竣工后雙方清算時退還等。2004年1月8日，原告通過銀行轉(zhuǎn)賬方式向被告支付500000元。2004年3月1日，黃石市國土資源局（甲方）與萬利公司（乙方）簽訂一份《國有土地使用權(quán)收回補(bǔ)償合同》，合同約定：“根據(jù)《中華人民共和國土地法》、《中華人民共和國城市房地產(chǎn)法》等國家有關(guān)法律、法規(guī)政策規(guī)定，甲乙雙方本著平等、自愿的原則訂立本合同。一、乙方同意將其位于西塞山區(qū)京華路1號（規(guī)劃項(xiàng)目）的a地塊1977.44、b地塊2549.97平方米國有土地使用權(quán)（具體位置詳見掛牌審批圖），由甲方依法報經(jīng)市政府收歸國有，由黃石市地產(chǎn)交易中心進(jìn)行公開掛牌出讓。二、經(jīng)依法批準(zhǔn)收歸國有的土地使用權(quán)，乙方不再擁有該地塊的土地使用權(quán)。三、甲方同意向乙方支付工a地塊（改制出讓）原地價的70%計(jì)781930.79元、b地塊（改制出讓）原地價的70%計(jì)916658.12元作為回收土地使用權(quán)的補(bǔ)償，涉及土地使用權(quán)出讓金減免以市政府批準(zhǔn)為準(zhǔn)。四、掛牌成交后，由乙方依法負(fù)責(zé)在三個月內(nèi)完成建（構(gòu)）筑物、地面附著物及其他拆遷范圍內(nèi)的其它設(shè)施的拆遷清理工作，在三個月內(nèi)將平整的場地交付甲方，費(fèi)用由乙方承擔(dān)。五、甲方負(fù)責(zé)協(xié)助乙方辦理該地塊的土地使用權(quán)變更。六、乙方根據(jù)甲方需要負(fù)責(zé)向甲方提供該地塊的土地權(quán)屬證件、圖紙等資料。七、乙方負(fù)責(zé)協(xié)助買受人辦理有關(guān)手續(xù)。并出具買受人在辦理有關(guān)手續(xù)過程中所需的有關(guān)資料。八、乙方確保該地塊有無爭議的處置權(quán)，否則由此引起的糾紛由乙方負(fù)責(zé)處理，并承擔(dān)一切費(fèi)用。九、違約責(zé)任：1、乙方未按規(guī)定時間移交土地、逾期每日按應(yīng)付款的千分之三向甲方支付違約金。如拒不交付土地，則按《湖北省土地管理實(shí)施辦法》第49條的規(guī)定處理。2、甲方未按規(guī)定支付土地補(bǔ)償費(fèi)，逾期每日按應(yīng)付款的千分之三向乙方支付違約金。十、本合同未盡事宜，由甲乙雙方協(xié)商解決。十一、本合同一式四份，雙方各執(zhí)二份，雙方簽字后生效”。2004年3月19日，黃石市地產(chǎn)交易中心在黃石日報刊登了《國有土地使用權(quán)掛牌出讓公告》，其中載明：“g（2004）11號標(biāo)的土地（原萬利轉(zhuǎn)向器公司土地）位于京華路1號，規(guī)劃用途綜合樓（b座），競買保證金1000000元（該項(xiàng)目一至六層為商業(yè)、辦公用房，用于安置職工就業(yè)和原單位辦公，具體還建標(biāo)準(zhǔn)及有關(guān)事宜由買受人與市萬利轉(zhuǎn)向器公司商定）”。2004年4月6日，原告支付土地掛拍保證金1000000元。2004年4月18日，原、被告簽訂《房屋拆遷還建協(xié)議》，約定因萬利綜合樓b座工程項(xiàng)目需要，原告將拆除g（2004）11號標(biāo)的土地上的建筑物，被告房屋總面積1883.47㎡；原告竣工后，對被告還建一至三層房屋總面積的50%，還建面積約2500㎡，被告作為生產(chǎn)、辦公使用；被告所得還建面積的后期稅費(fèi)按地稅部門確認(rèn)的數(shù)額為準(zhǔn)，由被告自行承擔(dān)。次日，原告與黃石市國土資源局簽訂了《國有土地使用權(quán)出讓合同》，約定原告取得位于京華路1號（出讓土地面積為2665.89㎡）；土地出讓金為4200000元（含土地補(bǔ)償費(fèi)用），2004年9月30日前分三期支付等。被告按上述約定支付土地出讓金3284000元。2004年6月10日，萬利公司（甲方）與金某公司（乙方）簽訂《改造工程開發(fā)補(bǔ)充協(xié)議》，約定：“本著平等自愿、互惠互利的原則，經(jīng)過友好協(xié)商，甲、乙雙方就聯(lián)合開發(fā)建設(shè)市“萬利綜合樓”工程項(xiàng)目（位于黃石市武漢路43號）的有關(guān)事宜在2004年1月6日簽訂的黃石市萬利轉(zhuǎn)向器制造有限公司綜合樓改建工程開發(fā)協(xié)議的基礎(chǔ)上，達(dá)成如下補(bǔ)充協(xié)議，以資共同信守。一、g（2004）11號標(biāo)的（原市萬利轉(zhuǎn)向器制造有限公司土地）位于京華路1號，土地面積2665.89平方米，規(guī)劃用途綜合樓b座。經(jīng)黃石市國土資源局交易中心按城市規(guī)劃要求掛牌出讓給乙方。甲、乙雙方按2004年3月19日甲方土地掛牌公告要求，達(dá)成還建面積（此處空白）平方米（具體按2004年1月6日簽訂的協(xié)議書第三條“合作方式”的第三款執(zhí)行）用于甲方辦公、職工就業(yè)等協(xié)議后，乙方取得國有土地使用權(quán)。并約定，由甲方提供土地出讓金420萬元，在該項(xiàng)目竣工之后，甲方完全按合同約定的還建比例取得應(yīng)得的房屋產(chǎn)權(quán)。二、京華路1號“萬利合樓”b座，由于乙方原因，施工過程中連續(xù)三個月停工以及出現(xiàn)乙方轉(zhuǎn)讓或同其他開發(fā)公司共建的情況，將按“萬利綜合樓”改建工程開發(fā)協(xié)議書第五條“其他”的第四款執(zhí)行。甲方有權(quán)終止雙方的合作關(guān)系，且有權(quán)收回該工程項(xiàng)目的土地使用權(quán)。如遇不可抗拒的因素除外（例：自然災(zāi)害、戰(zhàn)爭、地震等）。三、“萬利綜合樓”b座的建設(shè)工期為24個月（興建時間從乙方動工之日算起），由乙方原因而影響竣工期，乙方應(yīng)向甲方賠付經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償金（經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償金按月租6萬元計(jì)算）。四、甲方應(yīng)在2004年6月30日前，按“協(xié)議書”第四條“權(quán)利與義務(wù)”的規(guī)定辦妥該大樓的有關(guān)手續(xù)及搬遷手續(xù)。因甲方原因逾期，甲方應(yīng)向乙方賠付每月6萬元補(bǔ)償金。五、甲方應(yīng)在2004年6月15日之前將土地出讓金繳納完畢，且有義務(wù)協(xié)助乙方辦理土地使用證，以利于乙方辦理建筑施工的相關(guān)手續(xù)。乙方開具420萬元的土地出讓金收據(jù)給甲方，甲方將交納的土地出讓金發(fā)票給乙方。甲方在6月30日前向乙方開具100萬元搬遷費(fèi)的借款手續(xù)。甲方如未按期交納完畢，應(yīng)支付乙方每月6萬元的延期違約金。六、綜合樓合建工程開發(fā)協(xié)議書第四條“權(quán)利與義務(wù)”中的乙方第十款，修正為乙方負(fù)責(zé)代為銷售甲方所應(yīng)得十二、十三層住宅樓，依照本大樓統(tǒng)一制定售價進(jìn)行銷售，乙方及時將代銷情況通知甲方。七、本協(xié)議制作為2004年1月6日協(xié)議未盡事宜補(bǔ)充。此工程施工過程中還會出現(xiàn)各類具體事宜，雙方本著友好合作宗旨，另行協(xié)商?！?004年10月28日，萬利綜合樓b座項(xiàng)目開工建設(shè)。2006年8月11日，工程竣工驗(yàn)收，建筑面積為19218㎡。2006年8月17日，原、被告又簽訂了《非住宅房產(chǎn)分割協(xié)議書》，細(xì)化了非住宅房產(chǎn)的分割方案并約定被告所得非住宅房產(chǎn)的后期稅費(fèi)及辦理產(chǎn)權(quán)產(chǎn)生的費(fèi)用由被告自負(fù)。同日，雙方還簽訂了《補(bǔ)充協(xié)議》，約定甲方所得房屋（十二至十三層住宅房屋）的銷售所產(chǎn)生的各項(xiàng)稅費(fèi)（含物業(yè)維修基金、營業(yè)稅、所得稅、土地增值費(fèi)等，以相關(guān)部門核定的數(shù)據(jù)為準(zhǔn)）均由甲方承擔(dān)。被告將其分得的住宅房屋中的十套委托原告銷售。目前，原告尚欠銷售收入2135389元未支付被告。2××7年7月26日，被告出具《承諾書》，具明“承擔(dān)原告代為銷售房屋產(chǎn)生的各項(xiàng)稅費(fèi)”和“無論什么時候，我方所得產(chǎn)權(quán)涉及的稅、費(fèi)均由我方承擔(dān)，貴公司不承擔(dān)任何的經(jīng)濟(jì)和法律責(zé)任”。萬利綜合樓b座項(xiàng)目開發(fā)期間，原告向稅務(wù)機(jī)關(guān)就萬利綜合樓b座項(xiàng)目申報繳納了部分稅款（3674464.14元）并向房產(chǎn)管理部門繳納了住房維修基金254644元。2010年7月，大冶市公安局經(jīng)濟(jì)犯罪偵查大隊(duì)認(rèn)為原告涉嫌涉嫌逃避稅款罪，故立案偵查。偵查過程中，大冶市公安局經(jīng)濟(jì)犯罪偵查大隊(duì)委托黃石市荊山會計(jì)師事務(wù)所對萬利綜合樓b座項(xiàng)目少繳納的稅費(fèi)進(jìn)行了專項(xiàng)審計(jì)，該所出具黃荊師（2010）鑒字第8號《關(guān)于黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司的專項(xiàng)審計(jì)報告》（以下簡稱《專項(xiàng)審計(jì)報告》），鑒定意見為原告款少繳納稅款11177023.83元。根據(jù)該鑒定意見，大冶市公安局經(jīng)濟(jì)犯罪偵查大隊(duì)向原告收繳了稅款7250000元，該局遂于2016年元月17日作出《撤銷案件決定書》，認(rèn)為“我局立案偵查的黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司逃避追繳欠稅一案，在我局偵查過程中黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司已補(bǔ)繳稅款725萬元，該稅款已全部上繳國庫。鑒于本案是單位涉嫌犯罪，且黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司已補(bǔ)繳稅款725萬元，犯罪情節(jié)輕微，我局決定撤銷案件。”本案審理期間，本院向黃石市荊山會計(jì)師事務(wù)所遞交咨詢函，要求其對《專項(xiàng)審計(jì)報告》中有關(guān)被告萬利公司應(yīng)承擔(dān)的稅款作出說明。該所于2013年5月18日出具報告稱被告所得房屋計(jì)稅收入涉及的稅費(fèi)合計(jì)金額為5789821.76元，其中營業(yè)稅及附加1668550.23元、土地增值稅2506143.26元、企業(yè)所得稅1615128.27元。2014年5月19日，黃石市荊山會計(jì)師事務(wù)所作出《關(guān)于黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司與黃石市萬利轉(zhuǎn)向器制造有限公司合作開發(fā)萬利綜合樓b座有關(guān)稅費(fèi)問題的補(bǔ)充咨詢意見函》認(rèn)為：萬利公司分得萬利綜合樓b座房屋涉及的應(yīng)繳稅費(fèi)應(yīng)分?jǐn)偨鹉彻疽牙U納稅費(fèi)的數(shù)額為4260651.45元，其中（營業(yè)稅1077073.27元、城建稅75395.13元、教育費(fèi)附加32312.20元、地方教育發(fā)展費(fèi)21541.46元、堤防費(fèi)21541.46元、企業(yè)所得稅1188551.03元、土地增值稅1844236.90元）。原告補(bǔ)繳稅款后多次要求被告對其應(yīng)承擔(dān)的稅費(fèi)和往來款進(jìn)行結(jié)算，但雙方未能達(dá)成一致意見。
另查明，被告于2××7年11月向黃石市地方稅務(wù)局申報減免還建房屋（建筑面積2281.80㎡）的契稅，經(jīng)批準(zhǔn)減免稅額464495.48元。同年，被告辦理了本案所涉項(xiàng)目一至三層商業(yè)用房50%的房屋產(chǎn)權(quán)證并繳納了住房維修基金29663元。

本院認(rèn)為，原、被告雙方先后簽訂的《改建工程開發(fā)協(xié)議書》、《房屋拆遷還建協(xié)議》、《改造工程開發(fā)補(bǔ)充協(xié)議》、《非住宅房產(chǎn)分割協(xié)議書》、《補(bǔ)充協(xié)議》，均是當(dāng)事人真實(shí)意思的表示且未違反國家法律法規(guī)的強(qiáng)制性的規(guī)定，合法有效。其中，《改建工程開發(fā)協(xié)議書》及其一系列補(bǔ)充協(xié)議約定雙方以原告提供建設(shè)資金及技術(shù)，被告提供土地的形式共同完成萬利綜合樓b座項(xiàng)目的開發(fā)。同時，上述協(xié)議對項(xiàng)目完成后的房屋分配比例及稅費(fèi)分擔(dān)亦進(jìn)行了具體約定。從2004年3月1日，黃石市國土資源局（甲方）與萬利公司（乙方）簽訂的《國有土地使用權(quán)收回補(bǔ)償合同》中“四、掛牌成交后，由乙方依法負(fù)責(zé)在三個月內(nèi)完成建（構(gòu)）筑物、地面附著物及其他拆遷范圍內(nèi)的其它設(shè)施的拆遷清理工作，在三個月內(nèi)將平整的場地交付甲方，費(fèi)用由乙方承擔(dān)?！钡拿鞔_約定來看，金某公司摘牌成交的是一塊凈地，而涉及該地塊建（構(gòu)）筑物、地面附著物及其他拆遷范圍內(nèi)的其它設(shè)施的拆遷清理工作應(yīng)由萬利公司負(fù)責(zé)且費(fèi)用自擔(dān)。對此，萬利公司已獲得相應(yīng)的補(bǔ)償。反觀《房屋拆遷還建協(xié)議》雖是原、被告對該項(xiàng)目土地上被告所有房屋的拆遷補(bǔ)償問題所達(dá)成的協(xié)議，但內(nèi)容與《改建工程開發(fā)協(xié)議書》中一至三層門面的分配方案及其稅費(fèi)承擔(dān)內(nèi)容相一致。故被告認(rèn)為《改建工程開發(fā)協(xié)議書》中沒有雙方共同出資、共享利潤、共擔(dān)風(fēng)險的約定，合同履行過程中被告亦沒有參與經(jīng)營管理，故不能簡單根據(jù)合同名稱認(rèn)定該協(xié)議為合資合作開發(fā)房地產(chǎn)合同，而應(yīng)將其認(rèn)定為拆遷還建協(xié)議和商品房買賣協(xié)議的結(jié)合。根據(jù)審理查明的內(nèi)容，首先，本案所涉項(xiàng)目土地雖以原告名義受讓取得（凈地），但土地出讓金由被告支付，被告實(shí)質(zhì)上履行了提供土地的義務(wù)。原告也依約履行了提供建設(shè)資金義務(wù)完成了項(xiàng)目的開發(fā)。其次，關(guān)于共享利潤，該協(xié)議及其補(bǔ)充協(xié)議對建成后的房屋在原、被告之間的分配比例作出了明確約定，而實(shí)物分配即為利潤分配的方式之一。再次，協(xié)議雖未約定風(fēng)險分擔(dān)，但從協(xié)議的實(shí)質(zhì)內(nèi)容判斷，被告承擔(dān)著項(xiàng)目失敗則喪失出資和利潤的風(fēng)險。最后，共同經(jīng)營不是合作開發(fā)的必備條件，被告沒有參與開發(fā)建設(shè)與法律規(guī)定并不相悖。據(jù)此，可以認(rèn)定原、被告之間在房地產(chǎn)開發(fā)過程中存在共同出資、共享利潤和共擔(dān)風(fēng)險的行為。另外，被告在涉案土地摘牌過程中為原告支付土地出讓金并獲得房屋的行為，亦與通常情形下的房屋買賣行為不符。綜合考量上述因素，本院認(rèn)為被告的抗辯理由不能成立，原、被告之間的合同性質(zhì)應(yīng)認(rèn)定合資、合作開發(fā)房地產(chǎn)合同。
合同成立且生效后，雙方都應(yīng)當(dāng)按照協(xié)議約定切實(shí)履行自己的義務(wù)。關(guān)于被告分得房屋的后期稅費(fèi)，依照協(xié)議約定及其被告出具的承諾書均應(yīng)由被告自行負(fù)擔(dān)。原告雖是繳納義務(wù)人，但其對于被告應(yīng)負(fù)擔(dān)的稅費(fèi)僅承擔(dān)代扣代繳的義務(wù)。被告認(rèn)為其在辦理一至三層商業(yè)用房50%的房產(chǎn)證時已經(jīng)繳納了相關(guān)稅費(fèi)。然而，依據(jù)稅收相關(guān)規(guī)定，被告所分得商業(yè)用房作為拆遷還建房屋應(yīng)繳納的稅費(fèi)除辦證時應(yīng)繳納的契稅和印花稅外，還包括營業(yè)稅及其附加費(fèi)、企業(yè)所得稅、土地增值稅等。因此，協(xié)議及其承諾書中所指的后期稅費(fèi)應(yīng)包括上述各項(xiàng)稅費(fèi)，而不單是指被告辯稱的契稅。對于商業(yè)用房契稅和印花稅以外的稅費(fèi)，被告一直未繳納。另對于被告分得的商業(yè)住房十六套，被告亦未繳納稅費(fèi)。對于未繳納的稅費(fèi)，被告應(yīng)依法繳納。如原告已代被告繳納，被告則應(yīng)支付給原告。
根據(jù)公安機(jī)關(guān)在偵查原告涉嫌逃避稅款罪的過程中委托鑒定的審計(jì)結(jié)果，原告在萬利綜合樓b座項(xiàng)目開發(fā)過程中少繳納稅款（含營業(yè)稅及其附加費(fèi)、企業(yè)所得稅、土地增值稅）11177023.83元。對于該審計(jì)報告，本院在審理過程中要求鑒定機(jī)構(gòu)就原告少繳納稅費(fèi)中被告應(yīng)負(fù)擔(dān)的部分進(jìn)行說明，鑒定機(jī)構(gòu)根據(jù)雙方的合同約定等核算出被告萬利公司應(yīng)負(fù)擔(dān)營業(yè)稅及其附加費(fèi)、企業(yè)所得稅、土地增值稅合計(jì)5789821.76元。由于房地產(chǎn)開發(fā)過程中所涉稅種、稅率等信息屬于公開信息，能夠?yàn)樯鐣蟊娝@知，故公安機(jī)關(guān)在偵查案件的過程中依照法定程序委托第三方鑒定機(jī)構(gòu)根據(jù)原告提供的資料出具鑒定意見符合法律規(guī)定。本院在該鑒定報告的基礎(chǔ)上要求鑒定機(jī)構(gòu)機(jī)構(gòu)所作的說明亦符合法律規(guī)定。此外，被告在法定期限內(nèi)也未向本院申請重新鑒定。故原、被告在萬利綜合樓b座項(xiàng)目開發(fā)過程各自應(yīng)負(fù)擔(dān)的稅費(fèi)（含營業(yè)稅及其附加費(fèi)、企業(yè)所得稅、土地增值稅）可依鑒定報告的意見予以確認(rèn)。被告主張其應(yīng)承擔(dān)的稅費(fèi)只能由稅務(wù)機(jī)關(guān)的核準(zhǔn)的辯解意見與客觀事實(shí)不符，本院不予采納。
鑒定報告作出后，公安機(jī)關(guān)依據(jù)該報告要求原告補(bǔ)繳稅款7250000元且未再追究原告的法律責(zé)任。根據(jù)《中華人民共和國刑法修正案（七）》第三條規(guī)定，納稅人補(bǔ)繳稅款的，不予追究刑事責(zé)任規(guī)定。據(jù)此，原告因涉嫌逃避稅款罪被公安機(jī)關(guān)偵查過程中繳納的7250000元應(yīng)定性為稅款。如稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)為該7250000元應(yīng)由其收取，稅務(wù)機(jī)關(guān)也只能向大冶市公安局收取。鑒于原告金某公司已繳納的稅款10924464.10元包含了應(yīng)由被告萬利公司繳納的稅費(fèi)4260651.45元，故上述稅費(fèi)4260651.45元，應(yīng)由被告支付給原告。但被告向原告支付了上述涉稅款項(xiàng)后，如稅務(wù)機(jī)關(guān)再行收繳則應(yīng)由原告繳納，被告不再承擔(dān)繳納義務(wù)。對于被告應(yīng)繳而原告尚未代繳的稅款1529170.31元（5789821.76元－4260651.45元），應(yīng)待稅務(wù)機(jī)關(guān)實(shí)際收繳時，由被告自行向稅務(wù)機(jī)關(guān)繳納或由原告代繳后被告再支付給原告。
關(guān)于住房維修基金，被告在辦理商業(yè)用房的房產(chǎn)證時已經(jīng)繳納，但其繳納的金額系其作為產(chǎn)權(quán)所有人應(yīng)負(fù)擔(dān)的部分。房產(chǎn)開發(fā)方對該部分及十六戶商品房應(yīng)繳納的住房維修基金依照協(xié)議仍屬于被告自行負(fù)擔(dān)的后期稅費(fèi)。根據(jù)原告繳納的住房維修基金數(shù)額面積和比例，被告還應(yīng)負(fù)擔(dān)58411.51元。此外，被告還應(yīng)返還原告開發(fā)訂金500000元、墊付的土地出讓金1000000元。據(jù)此，被告應(yīng)共計(jì)支付原告5819062.96元。抵扣原告欠付被告的商品房銷售款2135389元后，被告還應(yīng)支付原告3683673.96元。
關(guān)于被告抗辯本案已超過訴訟時效問題，因本案涉及的雙方稅費(fèi)問題至2016年元月17日公安機(jī)關(guān)才作出結(jié)論，也正因?yàn)榇?，雙方尚未實(shí)際就涉案的稅費(fèi)承擔(dān)及部分房屋銷售款等問題進(jìn)行有效的結(jié)算；即便是原告在本案審理過程中變更訴訟請求，亦不違反訴訟時效的規(guī)定。故被告認(rèn)為本案已超過訴訟時效的抗辯主張，本院不予支持。
綜上，根據(jù)《中華人民共和國合同法》第六條、第七條、第八條、第四十四條第一款、第一百零七條、第一百二十五條、最高人民法院《關(guān)于審理涉及國有土地使用權(quán)合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第十四條、第十五條的規(guī)定，判決如下：

一、被告黃石市萬利轉(zhuǎn)向器制造有限公司于本判決生效之日起十日內(nèi)支付原告黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司3683673.96元；
二、駁回原告黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司的其他訴訟請求。
如果未按本判決指定的期間履行給付金錢義務(wù)，應(yīng)當(dāng)依照《中華人民共和國民事訴訟法》第二百五十三條之規(guī)定，加倍支付遲延履行期間的債務(wù)利息。
案件受理費(fèi)48290元，由原告黃石市金某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司負(fù)擔(dān)12021元，被告黃石市萬利轉(zhuǎn)向器制造有限公司負(fù)擔(dān)36269元。
如不服本判決，可在本判決書送達(dá)之日起十五日內(nèi)向本院遞交上訴狀，并按對方當(dāng)事人人數(shù)提交副本，上訴于湖北省黃石市中級人民法院。（上訴人應(yīng)在提交上訴狀時預(yù)交上訴案件受理費(fèi)人民幣48290元，款匯湖北省黃石市中級人民法院，開戶銀行：湖北農(nóng)行黃石市分行團(tuán)城山支行，戶名：法院訴訟費(fèi)匯繳財政專戶，帳號：17×××18。上訴人在上訴期屆滿后七日內(nèi)仍未預(yù)交上訴費(fèi)用的，按自動撤回上訴處理）。

審　判　長　　劉天躍 人民陪審員　　徐燕萍 人民陪審員　　程良軍

書記員：舒晶