原告（反訴被告）：湖北應用技術學校。
法定代表人：高金英，該校董事長。
委托代理人：王耀堂，湖北天明律師事務所律師（代理權限為特別授權）。
委托代理人：費文峰，該校辦公室主任（代理權限為特別授權）。
被告（反訴原告）：通山縣三村建筑工程有限公司。
法定代表人：黃治斌，該公司董事長。
委托代理人：袁烽，該公司項目經理（代理權限為特別授權）。
委托代理人：阮建國，湖北旗開律師事務所律師（代理權限為一般代理）。

湖北應用技術學校（以下簡稱應用學校）與通山縣三村建筑工程有限公司（以下簡稱三村公司）建設工程施工合同糾紛一案，本院于2010年7月28日立案受理。2010年12月27日，本院以武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所已對應用學校校長高軍平涉嫌被非法拘禁一案立案偵查，而該案的處理結果對本案的處理有利害關系為由，對本案中止審理。2012年4月24日，三村公司以武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所出具的《情況說明》來證明其項目經理袁烽涉嫌非法拘禁高軍平證據不足為由，申請本院恢復審理。雖然武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所遲遲未對高軍平涉嫌被非法拘禁案偵查終結，但是為了避免因涉案工程款遲遲不予結算給雙方帶來額外的經濟損失，本院遂恢復了對案件的審理。2012年8月6日本院做出（2010）鄂州法民三初字第17號民事判決，判決撤銷高軍平與袁烽于2009年12月12日簽訂的《補充協議書》，駁回應用學校的其他訴訟請求。三村公司不服該判決，向湖北省高級人民法院提起上訴。2012年12月10日，湖北省高級人民法院作出（2012）鄂民一終字第94號民事裁定，以與本案關聯的高軍平被非法拘禁案尚在偵查當中，原審判決認定高軍平與袁烽簽訂《補充協議書》時存在被脅迫行為的依據不足，判決認定事實不清，證據不足為由撤銷原判將案件發(fā)回重審。本院另行組成由審判員廖春花擔任審判長，審判員鄒圍、人民陪審員江杰參加的合議庭重新審理了本案。重審過程中，三村公司依法向本院提起反訴，要求應用學校支付工程款、保證金、利息，并賠償損失。應用學校同時增加本訴訴請要求三村公司承擔因工程質量問題需要的維修費用，同時應用學校申請本院依法對工程質量及維修費用進行鑒定，本院委托湖北省建筑工程質量監(jiān)督檢測中心和鄂州陽光建設工程造價咨詢有限責任公司對應用學校教學樓屋面及北墻防水、食堂加固及屋面防水造價事項進行了鑒定。2013年12月4日本院依法公開開庭進行了審理，應用學校的委托代理人王耀堂、費文峰，三村公司的委托代人袁烽、阮建國到庭參加了訴訟，本案現已審理終結。
本訴原告應用學校訴稱：2007年，三村公司共承接了應用學校位于鄂州市廟嶺鎮(zhèn)服務區(qū)的學生別墅樓、學生食堂及教學樓項目（下稱“三項工程”）。2007年4月1日，應用學校與三村公司簽訂了《建筑安裝工程施工合同》及《建筑安裝工程施工補充合同》各一份，由三村公司承擔應用學校學生公寓樓的施工，約定三村公司按合同約定工期完工，如延期則每延誤一天罰款1萬元，累計計算。2007年5月28日，雙方在原合同的基礎上，又簽訂了一份《補充協議》，工程名稱變更為學生別墅樓，開工日期為2007年5月28日，2007年9月20日交付使用，合同對其它權利義務也作了約定。2007年5月28日，應用學校、三村公司就學生食堂項目簽訂了一份《建筑安裝工程施工合同》，約定工程竣工時間為2007年9月28日，工期違約責任等同于學生別墅樓的約定。2007年12月13日，雙方又簽訂了一份合同，由三村公司承接應用學校教學樓的施工，工程竣工日期為2008年6月1日，如延期則每延誤一天罰款5000元，累計計算。雙方在“三項工程”合同中均約定，在竣工驗收前十天三村公司應向應用學校及質監(jiān)部門提交全套技術資料和竣工報告，并做到完工場清?？⒐すこ探浻嘘P單位共同驗收、驗評，7天內向應用學校移交完畢，同時將資料報有關部門備案。
在工程合同簽訂后，三村公司即組織施工，由于三村公司的管理措施不到位，雖經應用學校催促，三村公司的工期嚴重逾期，且工程存在質量缺陷。2008年7月28日，三村公司向應用學校提交《關于申請驗收食堂別墅的請求報告》，請求對別墅樓及食堂工程予以驗收。2008年9月12日，三村公司申請對教學樓進行驗收。由于三村公司未能提交合格的工程資料，質量缺陷也未修復，“三項工程”不能辦理竣工交驗手續(xù)，以致無法投入使用，三村公司的行為嚴重違約，并影響了應用學校的正常招生及相關工作，對應用學校造成了巨大的經濟損失。為防止損失進一步擴大，應用學校敦促三村公司完善工程交驗手續(xù)，但三村公司拒不辦理，并多次采用非法方式索取工程款，特別是三村公司的項目經理袁烽在2009年12月11日至13日對應用學校的校長予以非法拘禁，脅迫簽訂了《補充協議書》。為維護應用學校的合法權益，特訴至法院，請求判令1、三村公司承擔逾期竣工的違約金3555000元；2、撤銷2009年12月12日簽訂的《補充協議書》；3、三村公司提交合格的工程資料，并配合應用學校完成工程驗收手續(xù)；4、三村公司承擔本案的全部訴訟費和其它費用。
2013年3月7日，應用學校增加訴訟請求：請求判令三村公司承擔因工程質量問題造成的維修費664445.97元。事實與理由：三村公司承建的工程存在嚴重的質量問題，應用學校多次敦促其修復，但三村公司拒不辦理，以致工程無法正常使用，對申請人造成了巨大損失。根據法律及合同約定，該費用應由三村公司承擔。
本訴被告三村公司答辯稱：1、三村公司承建應用學校的學生別墅樓、學生食堂、教學樓工程未按時竣工是因應用學校的原因造成的。當時三村公司進駐工地時，路、電、水都不通，影響了工期；應用學校與當地村民因征地補償發(fā)生糾紛，當地村民經常堵路；應用學校擅自改變圖紙和設計；應用學校未依約返還保證金和支付工程款，導致三村公司資金緊張。2、應用學校與三村公司并未約定工程延期竣工要支付違約金。雙方合同約定的是罰款，而應用學校是無權罰款的，因此該約定無效。3、應用學校的第一項訴訟請求超過了訴訟時效。雙方約定2007年6月30日完工，至應用學校起訴，已過了三年，訴訟時效已過。4、2009年12月12日簽訂的《補充協議書》是雙方真實意思表示，且不違反法律法規(guī)禁止性規(guī)定，是合法有效的。5、三村公司已向應用學校提交了工程資料，應用學校為了拖欠工程款，才遲遲不愿辦理工程驗收手續(xù)。應用學校的教師及行政人員已于2007年9月底到一棟學生別墅樓辦公，且學校已于2008年10月份開學。6、對于應用學校要求支付工程部分維修費的問題，因鋼筋代用是經過學校同意的，且工程已過合同約定的一年保修期，發(fā)生漏水的責任不在三村公司而在應用學校。綜上，應用學校的訴請沒有事實和法律依據。
反訴原告三村公司提起反訴稱：三村公司與應用學校于2007年4月1日、5月28日、12月13日簽訂了叁份《建筑安裝工程施工合同》，約定三村公司承建應用學校的“三項工程”。為履行合同，袁烽四處籌錢，向應用學校支付保證金85萬元，并墊資建設“三項工程”。工程竣工后，應用學校不依約支付工程款，拒不退還保證金。為此三村公司項目經理袁烽多次找應用學校催討，故應用學校的校長高軍平代表學校與三村公司的項目經理袁烽于2009年12月12日簽訂了一份《補充協議書》，根據該協議書約定，算至2013年12月4日，應用學校應向三村公司支付工程款、保證金、利息、補償款共計7276383元。由于應用學校拖欠工程款，導致袁烽債臺高筑，袁烽的債權人紛紛起訴袁烽，通山法院拍賣了袁烽的住房，致使袁烽無家可歸，造成袁烽各項損失共計1093198元。故三村公司反訴請求：1、判令應用學校支付工程款、保證金、利息、補償款共計7276383元，2、應用學校賠償損失1093198元；如應用學校不按本次判決書支付欠款，請求法院按補充協議判其繼續(xù)支付工程款利息、保證金利息、鋼材違約金利息，直至付清欠款為止。
反訴被告應用學校針對反訴當庭答辯稱：1、三村公司當庭增加訴訟請求，應增繳訴訟費，否則法庭應駁回其訴請；2、三村公司的訴請是依據2009年12月12日簽訂的《補充協議書》來計算的，該補充協議書系高軍平受脅迫簽訂，依法應予撤銷；3、袁烽的損失系個人債務，與本案無任何因果關系。綜上，三村公司的訴請沒有事實和法律依據。同時應用學校愿意按照之前簽訂的合法有效的合同支付工程款。
本訴原告應用學校為支持其訴訟主張，向本院提交了如下證據：
證據1、三村公司的企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照及資質證書。擬證明三村公司的主體資格及其具備承建應用學校發(fā)包工程項目的施工資質。
證據2、2007年4月1日《建筑安裝工程施工合同》及補充合同、補充協議。擬證明應用學校將學生別墅樓工程發(fā)包給三村公司施工，雙方并對工程承包范圍、方式、違約責任等進行了約定。根據合同約定，三村公司應于2007年9月20日將工程交付使用，每延期一天愿罰款1萬元，累計計算。
證據3、2007年5月28日《建筑安裝工程施工合同》，擬證明應用學校將學生食堂工程發(fā)包給三村公司施工，雙方并對工程承包范圍、方式、違約責任等進行了約定。根據合同約定，三村公司應于2007年9月28日將工程交付使用，每延期一天愿罰款1萬元，累計計算。
證據4、2007年12月13日《建筑安裝工程施工合同》。擬證明應用學校將教學樓工程發(fā)包給三村公司施工，雙方并對工程承包范圍、方式、違約責任等進行了約定。根據合同約定，工程竣工日期為2008年6月1日，經應用學校和有關部門驗收合格后，三村公司自愿在竣工之日起10天內保證將教學樓交付應用學校使用；三村公司必須按約定工期完工，每延期一天愿罰款伍仟元，累計計算。
證據5、工程停工報告，工程復工報告。擬證明三村公司申請工期順延的天數僅為19天。
證據6、申請工程款提前支付函（3份），領款單（8張）。擬證明在施工過程中，應用學校不差三村公司工程進度款，反而提前預付了工程款。
證據7、應用學校向三村公司發(fā)出的工作聯系函及三村公司出具的承諾書。擬證明1、三村公司承建的學生別墅樓及食堂工程已逾期；應用學校并不欠三村公司工程進度款；3、三村公司承諾所有工程于2007年11月25日全部竣工并將合格工程交付學校使用。若工程延期，自愿接受每天1萬元的經濟處罰。
證據8、領款單（8張）。擬證明學校依三村公司的請求，預付了工程款30萬元。
證據9、三村公司向應用學校出具的“關于申請驗收食堂別墅的請求報告”及“工程驗收請求報告”。擬證明三村公司申報學生別墅樓工程的完工時間為2008年7月28日，合同約定交付日期為2007年9月20日，延誤312天；食堂約定竣工日為2007年9月28日，實際為2008年7月28日，延誤304天；教學樓工程約定的完工時間為2008年6月2日，實際為2008年9月12日，延誤103天。
證據10、應用學校向三村公司出具的“關于追索工期逾期違約金的聯系函”及特快專遞詳情單。擬證明應用學校曾向三村公司主張過違約金。
證據11、應用學校向三村公司出具的關于三村公司組織第三人及民工向應用學校索要工程款違反合同約定的函、特快專遞詳情單（2009年11月26日）。擬證明三村公司多次采取不正當手段索要工程款。
證據12、補充協議書、工作聯系函、報案材料、照片、病歷、特快專遞詳情單（2010年1月30日）、立案告知書、訊問筆錄。擬證明三村公司采取非法手段索取工程款，補充協議書是在受脅迫情形下簽訂的，應予撤銷。
證據13、應用學校致三村公司的001號律師函及回函、002號律師函及回函、法定代表人高金英情況說明。擬證明應用學校對解決糾紛作出了努力，補充協議書不是應用學校和三村公司的真實意思表示。
證據14、工程檢驗報告（編號07111483--07111483），擬證明三村公司提供虛假的工程資料。
證據15、檢舉材料，工程質量存在的問題。擬證明三村公司施工過程中所存在的質量問題。
證據16、關于鋼筋代用的通知，關于完善竣工驗收手續(xù)的通知，國內特快專遞郵件詳情單（2份）。擬證明三村公司嚴重違反法律法規(guī)及施工規(guī)范，應用學校再次通知三村公司完善竣工驗收手續(xù)及確認需維修項目。
證據17、食堂別墅建筑專業(yè)方面存在的問題（2011年3月28日），工程情況說明，照片一組，承諾書，應用學校食堂屋面漏水司法鑒定報告，應用學校教學樓屋面及北墻漏水司法鑒定報告，食堂、教學樓維修方案，建設工程造價鑒定書。擬證明系三村公司原因造成食堂教學樓質量問題，維修費用664445.97元應由三村公司承擔。
證據18、收據（2張），發(fā)票（2張）。擬證明應用學校應確定工程質量問題的原因、維修方案、維修費用而支出7萬元。
本訴被告三村公司為支持其抗辯理由，向本院提交了如下證據：
證據1、2007年4月1日、5月28日雙方簽訂的《建筑安裝工程施工合同》及補充協議；
證據2、2007年5月28日雙方簽訂的《建筑安裝工程施工合同》；
證據3、2007年12月13日雙方簽訂的《建筑安裝工程施工合同》。
證據1至證據3擬證明雙方約定的三村公司承建的學生公寓樓的交付使用日期為2007年9月20日；學生食堂的竣工時間為2007年9月28日；教學樓的竣工時間為2008年6月1日。雙方未約定違約金，三村公司屬墊資施工，且向應用學校交納了保證金?！叭椆こ獭钡谋Ｐ奁跒閺姆课菘⒐そ昏€匙時間起1年。
證據4、應用學校向三村公司出具的三張收據。擬證明三村公司向應用學校共支付保證金85萬元，應用學校未按合同約定及時返還保證金，造成三村公司資金緊張，是工程延期的原因之一。
證據5、證人魏某的證言；
證據6、證人王某的證言；
證據7、證人袁某的證言；
證據8、證人朱某的證言；以上證據5至證據8擬證明：1、學生別墅工程按約定期限竣工（兩棟是2007年9月，兩棟是2007年11月），學生食堂是2007年11月竣工，教學樓是2008年8月竣工；2、部分工程未按時竣工的原因是：2007年6月才通路，7月才通電。應用學校與當地村民存在土地補償等糾紛，村民經常堵路、拉閘停電，在施工公路上挖坑（致工程停工一個多月），老太婆躺在施工公路上阻止車輛進場（致使停工半個多月），廟嶺服務區(qū)以電壓不足為由停電（致使工程停工十幾天），工程量增加及工程變更。工程逾期責任在應用學校。3、2008年應用學校在廟嶺校區(qū)開過學，使用了三村公司承建的“三項工程”。
證據9、2009年12月12日，通山縣通羊法律服務所出具的見證書，2009年12月12日簽訂的《補充協議書》；證明2009年12月12日簽訂的《補充協議書》是經過見證的，因此合法有效。
證據10、通山縣通羊法律服務所執(zhí)業(yè)證書、發(fā)票；證明通山縣通羊法律服務所具備見證資格，并且收取了相關見證費用。
證據11、通山縣通羊法律服務所的情況匯報。擬證明《補充協議書》簽訂時，高軍平是真實意思表示，《補充協議書》合法有效。
證據12、武漢市公安局武昌分局對李木相的詢問筆錄；證明《補充協議書》是李木相起草的；簽訂協議時高軍平是自愿的。
證據13、武漢市公安局武昌分局對余月志的詢問筆錄；證明高軍平同意見證，法律工作者余月志依法見證；《補充協議書》是雙方真實意思表示，高軍平未受到任何威脅，《補充協議書》真實有效。
證據14、武漢市公安局武昌分局水果湖派出所出具的《情況說明》。擬證明袁烽并未脅迫高軍平簽訂《補充協議書》，袁烽涉嫌非法拘禁高軍平證據不足。
證據15、應用學校出具的三村公司項目經理袁烽的領款統(tǒng)計。擬證明《補充協議書》簽訂后，應用學校于2009年12月13日支付20萬元，2009年12月28日至2010年1月26日分6次支付25300元，依約履行了協議的部分內容。
證據16、三村公司向應用學校出具的三份《工程驗收請求報告》，工程資料目錄。擬證明應用學校已經于2009年1月10日收到了三村公司提交的關于“三項工程”的各項工程驗收資料。
證據17、《設計變更、洽談記錄》。擬證明因市場斷貨，原告管理科科長黃新發(fā)同意將直徑為22毫米的螺紋鋼材變更為20毫米。
證據18、證人吳某證言；
證據19、證人楊某證言；證據18、19擬證明張俊當時不是食堂工程施工員而是資料管理員，張俊的檢舉材料不實。
反訴原告三村公司為支持其反訴主張，向本院提交了如下證據：
證據1、2007年4月1日、5月28日雙方簽訂的《建筑安裝工程施工合同》及補充協議；2007年5月28日及同年12月13日雙方簽訂的《建筑安裝工程施工合同》。證明反訴原告三村公司承建反訴被告應用學校學生別墅樓、學生食堂、教學樓三項工程。
證據2、2009年12月12日，高軍平與三村公司項目經理袁烽簽訂的《補充協議書》。證明應用學校下欠三村公司工程款、保證金、以及利息，應用學校并同意補償三村公司損失。
證據3、三份收條。證明應用學校收取三村公司85萬元保證金。
證據4、2007年應用學校與鄂州市文昌建筑安裝有限公司廟嶺分公司簽訂的《建筑安裝工程施工合同》。證明應用學校行政樓880元每平方米；三村公司承建的學生食堂和學生別墅工程造價調至880元每平方米。
證據5、通山法院向三村公司項目經理袁烽下達的執(zhí)行通知、法院拍賣袁烽私房的評估費及傭金收據、其他費用票據。證明應用學校拖欠三村公司工程款導致其項目經理袁烽損失1093198元。
反訴被告應用學校為支持其抗辯理由，向本院提交了如下證據：
證據1、借支單、領款單、領條共58份；收條、電匯單及對賬單6份；領條7份。證明應用學校已經向三村公司支付工程款3128643元。
證據2、借支單、領款單、欠條及發(fā)票13份，證明應用學校已經支出，有待三村公司核實的款項121417元。
三村公司在第一次審理中止期間向本院提交了兩份法律文書，經過雙方當事人同意，該證據在本次審理中予以舉證、質證。三村公司提交的證據是湖北省咸寧市中級人民院（2011）咸民三終字第217號民事判決以及湖北省高級人民法院（2012）鄂民再申字第00051號民事裁定書，證明湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司是應用學校的投資創(chuàng)辦人；應用學校的土地使用權人是湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司；應用學校收取了三村公司保證金85萬元；應用學校曾經開過學。
本訴被告三村公司對本訴原告應用學校提交的證據的質證意見為：對證據1無異議；對證據2、3、4的真實性沒有異議，但認為合同沒有約定違約責任，約定的是罰款，而應用學校不具備罰款資格，相應的條款無效；對證據5真實性沒有異議，但認為該證據只是數次停工中的一次，施工過程中經常停工，不能證明應用學校的證明目的；對證據6真實性無異議，但與證明目的無關聯性，反而證明應用學校違約拒付工程款，在三村公司的要求之下才支付的；對證據7認為工程逾期交付的責任在應用學校，該證據不能達到證明目的；對證據8真實性無異議，對證明內容有異議，沒有返還保證金，沒有按合同約定付款；對證據9真實性無異議，證明目的有異議，因為應用學校遲遲不驗收，三村公司才申請驗收；對證據10認為無法證明郵件內所裝材料與名稱一致，三村公司沒有收到，且應用學校在起訴之前從來沒有提出違約金的事情；對證據11認為系單方出具的函，沒有證明力且與事實不符，三村公司是合法索要工程款；對證據12認為達不到證明目的，不能證明補充協議書是受脅迫簽訂的，只能證明補充協議書是雙方真實意思表示，不是脅迫簽訂的，袁烽沒有非法拘禁高軍平；對證據13認為，001號律師函及回函是真實的，證明目的有異議，反而證明袁烽是受三村公司全權委托處理與應用學校的工程事宜，對002號律師函及回函表示不能達到證明目的，情況說明的真實性有異議，是虛假的；對證據14的真實性有異議，認為是應用學校在三村公司提供工程資料的基礎上變造的；對證據15認為檢舉材料和工程問題與事實不符，張俊應出庭作證；對證據16中鋼筋代用沒有異議，認為是經過應用學校同意的，對完善工程竣工驗收手續(xù)通知的真實性有異議，無法證明郵件內所裝材料與名稱一致，三村公司沒有收到；對證據17認為，食堂別墅建筑專業(yè)方面存在的問題出具單位沒有鑒定資質，不能作為證據使用，工程情況說明系單方行為，沒有關聯性，照片不能證明系涉案工程，承諾書真實性無異議，僅能證明袁烽同意加固方案，不能證明加固費用由三村公司承擔，鑒定報告真實性無異議，但是工程已過約定保修期，責任不在三村公司，維修方案不能作為證據使用，加固的費用三村公司袁烽愿意承擔，漏水與三村公司無關；對證據18認為收據不能作為付款憑證，除加固以外的費用三村公司不予承擔。
本訴原告應用學校對本訴被告三村公司提供的證據的質證意見為：對證據1的真實性沒有異議，但認為不能達到三村公司的證明目的，合同約定的“罰款”實質是違約金，約定的并非墊資而是按進度支付工程款，僅教學樓項目交納了保證金，一年保修期違反法律法規(guī)強制性規(guī)定，保修期應為五年；對證據2的真實性沒有異議，但認為只有2007年12月13日的收據是應用學校出具的，湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司的兩張收據與本案無關。保證金應在完工后返還，且保證金不按時返還不是工程延期的原因；對證據3的真實性不予認可，證人應出庭接受質證，四位證人僅朱某出庭；對證據4的真實性沒有異議，但該證據不具備合法性，且見證程序不合法，應有兩名法律工作者見證，并且應當由高軍平和袁烽共同委托；對證據5中李木相及余月志詢問筆錄的真實性有異議，李木相筆錄未載明時間及詢問人記錄人，余月志筆錄僅有民警彭健一人署名，形式要件不合法。水果湖派出所2012年4月24日的情況說明已被其在2012年10月23日出具的《證明》否認；對證據6認為2009年12月13日的20萬元是在脅迫下支付的，后來的25300元是按照原來簽訂的合同而不是《補充協議書》支付的；對證據7的真實性無異議，但不能達到證明目的，只能證明“三項工程”直到2008年9月才完工，我們認可收到資料單不表明資料是合格的；對證據8要求提供原件，同時說明只同意將四根螺紋鋼筋由直徑22毫米換成20毫米的；對證據9認為證人應到庭作證，張俊前期是資料管理員，后來是施工員，該證據不具有證明力。
反訴被告應用學校對反訴原告三村公司提交的證據的質證意見為：對證據1的真實性沒有異議；證據2、3的質證意見與本訴中該證據質證意見一致；對證據4認為是案外人與應用學校簽訂的合同與本案沒有關聯；對證據5認為真實性無法確定，同時與本案沒有關聯。
反訴原告三村公司對反訴被告應用學校提交的證據的質證意見為：對證據1應用學校已經支付三村公司3128643元表示認可，該證據沒有異議；證據2所列舉款項121417元不予認可，袁烽不欠該款項。
應用學校對湖北省咸寧市中級人民院（2011）咸民三終字第217號民事判決以及湖北省高級人民法院（2012）鄂民再申字第00051號民事裁定書的質證意見是，判決書記載的內容不真實，代理人阮建國在兩個關聯案件中同時作為兩個對立當事人的代理人對案件有影響。湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司投資創(chuàng)辦了應用學校，但兩者是獨立法人。
根據應用學校的申請，本院委托鄂州陽光建設工程造價咨詢有限責任公司（下稱陽光建工造價咨詢公司）對應用學校食堂加固及屋面防水、教學樓屋面及北墻防水造價等事項進行了鑒定。2013年11月21日，陽光建工造價咨詢公司出具《報告書》，結論為：食堂加固工程造價為153189.15元；食堂屋面防水工程造價有兩種方案，按照武漢市房安建筑設計所方案造價為224748.99元，按照原設計圖紙方案造價為368765.98元；教學樓防水工程造價有兩種，按照武漢市房安建筑設計所方案造價為142490.84元（含北墻防水），按照原設計圖紙方案造價為105313.49元。本院組織雙方當事人質證，應用學校對鑒定結論無異議，三村公司對鑒定結論的真實性無異議，但認為工程已過保修期，防水工程的費用應由應用學校承擔。合議庭認為，雙方當事人均認可鑒定結論，該鑒定結論可以作為本案定案的依據。
根據三村公司的申請，本院于2013年12月2日到武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所，對“吳豐堯伙同三農民工把高軍平帶至通山，與袁烽無關”等事項進行了調查。調查結果為：一、吳豐堯等農民工沒有參加非法拘禁高軍平；二、高軍平涉嫌被非法拘禁案尚在偵查過程中；三、水果湖派出所民警彭健認為袁烽沒有非法拘禁高軍平。法院組織雙方當事人質證，三村公司認為調查結果基本與事實一致。應用學校認為公安機關辦案民警無權對高軍平涉嫌被非法拘禁案作出結論。合議庭認為，調查結果第一、二系客觀事實，予以采信，第三項系辦案民警個人主觀判斷，并非公安機關最后定案結果，因此本院不予采信。
本院對本訴原告應用學校提交的證據的分析與認定：三村公司對證據1沒有異議，本院依法予以采信；證據2、3、4，三村公司對其真實性沒有異議，僅對合同約定的違約金條款有不同的理解，本院依法對上述簽訂的合同予以采信；證據5，三村公司對其真實性沒有異議，認為是數次停工中的一次，本院對該證據予以采信；證據6，當事人對證據的真實性沒有異議，本院對證據記載內容予以采信；證據7，三村公司對其真實性無異議，但認為三村公司違約是由應用學校原因造成的，本院同樣對該證據記載的內容予以采信；證據8，三村公司對其真實性沒有異議，本院依法予以采信；證據9，三村公司對其真實性沒有異議，但認為系應用學校遲遲不肯驗收，三村公司才申請驗收的，本院認為該證據不能達到證明目的，不予采信；證據10，三村公司稱應用學校在此之前并沒有提出違約金的問題，本院認為，應用學校僅證明其主張過違約金，未提及時間問題，本院僅采信該證據記載的內容；證據11，函件是應用學校單方的行為，且不能證明其證明目的，故本院對其證明目的不予采信；證據12，照片與病歷相結合可以證明應用學校校長高軍平于2009年12月13日在武漢大學中南醫(yī)院被診斷為全身多處軟組織損傷、雙手燒傷的事實，報案材料與立案告知書相結合可證明水果湖派出所已對高軍平涉嫌被非法拘禁立案的事實。對袁烽及余寶玉的訊問筆錄可以證明高軍平從武漢被帶至通山的過程。工作聯系函可以證實應用學校向三村公司主張了《補充協議書》不是其真實意思表示，該組證據可以證明高軍平簽訂協議并非自己真實意愿，該證據與證據13互相印證證明《補充協議書》是受脅迫而簽訂；證據14，應用學校提交的工程資料上均蓋有三村公司的公章，三村公司雖不予認可但未舉出證據予以反駁，本院予以采信；證據15，因證人張俊未出庭作證，對該證據不予采信；證據16，其中三村公司對袁烽寫的通知沒有異議，從郵寄的文件名與完善工程竣工驗收手續(xù)的通知一致，因此，該證據本院予以確認；證據17，該組證據能夠證明應用學校食堂需要加固，食堂及教學樓需要維修。對證據18，除28000元收據不是正規(guī)發(fā)票外，其他票據是為本次鑒定所支出費用。
本院對本訴被告三村公司提交的證據的分析與認定：三村公司提交的證據1、2、3，應用學校對其真實性沒有異議，本院對該證據予以采信。證據4，2007年12月13日應用學校收到的45萬元保證金的收條，應用學校沒有異議，本院予以確認，2006年4月1日、2006年4月6日，湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司收到的共計40萬元的保證金，因湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司系應用學校投資人及開辦人，且應用學校新校區(qū)的土地使用權是湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司，該公司在新校區(qū)并沒有工程，且袁烽除此工程外，并無其他在建工程，故該收條上注明的收到新校區(qū)工程保證金應當是此次工程收取的保證金。該證據本院予以采信。證據5、6、7、8，證人除朱某出庭外，其他證人未出庭，但證言中有關工程滯后原因之一是工程基礎未完善、取水、用電等問題與案件事實相符，故本院對部分內容予以采信。證據9、10、11中所涉及的《見證書》均是袁烽單方委托，且只有一名法律工作者見證，其見證存在瑕疵，《情況匯報》是針對《見證書》所涉及的內容進行補充，且《見證書》的見證過程并不包括其見證了高軍平從被帶離湖北省教育廳時起至簽訂《補充協議書》止的這段時間內均不存在被脅迫行為。因此，證據9、10、11的證明目的本院不予采信。證據12、13，公安局的談話筆錄本身是在《見證書》所涉及的內容上進行的談話，且《見證書》本身程序就存在瑕疵，證據14公安局出具的情況說明已經作廢，因此，證據12、13、14不能證明2009年12月12日簽訂的《補充協議書》真實有效，該證據的證明目的本院不予采信。證據15能夠證明應用學校向袁烽支付部分工程款的事實，但不能證明應用學校已經對《補充協議書》予以認可。證據16可以證明應用學校收取了三村公司的工程資料。證據17，在工程中偷工減料本身屬于違反《建設工程施工管理條列》的行為，即便雙方予以認可，三村公司也應當承擔相應的責任和義務。證據18、19證人未出庭作證，該證據本院不予采信。
本院對反訴原告三村公司提交的證據的分析與認定：證據1，應用學校對該證據沒有異議，應予以確認。證據2，應用學校已經予以否認，且高軍平已經向公安機關報案，陳述該證據并非自己真實意思表示。因此，該證據不能達到其證明目的。證據3的意見與本訴被告證據4的意見一致。該證據應予以采信。證據4，該證據與本案并無實際聯系，也無關聯。證據5，該證據與本案所涉及的工程合同糾紛并無實際聯系，即使應用學校下欠三村公司款項，也應按雙方約定內容在符合法律規(guī)定的前提下計算利息或違約金。因此，該證據不予采信。
本院對反訴被告應用學校提交的證據的分析與認定：證據1，雙方已經核對并認可的數額是應用學校已向三村公司支付工程款3128643元，本院予以采信。證據2，因應用學校提供的均是支付他人的款項的證據，三村公司并不認可，且應用學校也未提交其他證據予以證實系三村公司的債務，其中有26000元雖系袁烽出具的欠條，但袁烽表示自己已經不再下欠此款，同時應用學校在支付該款時并未征求袁烽認可，因此，該證據本院不予采信。
本院對兩份法律文書分析與認定：該證據能夠證明案件部分事實，本院予以采信。
綜合雙方當事人當庭舉證、質證，法庭認證意見和當事人當庭陳述，本院認定事實如下：
2006年4月1日、4月6日袁烽向應用學校的投資人湖北高龍文化發(fā)展有限責任公司繳納新校區(qū)工程保證金40萬元。2007年4月1日，應用學校與三村公司簽訂一份《建筑安裝工程施工合同》，合同約定，由三村公司承接應用學校位于鄂州市廟嶺鎮(zhèn)的學生公寓樓，工程造價為每平方米650元，承包方式為包工包料，工期為140天，從2007年3月31日進場至2007年8月20日竣工。付款方式為兩棟樓房一層完工后應用學校返還三村公司所交保證金總額35%；兩棟樓房二層完工后，再返還保證金的35%；兩棟樓房封頂后全部返還保證金。工程全部完工后，經驗收合格所有資料交清，應用學校支付工程款總額60%，三村公司交付房屋給應用學校使用；2007年10月31日支付工程款總額20%；2008年10月31日支付工程款總額15%；余下工程款5%在2009年10月31日付清。應用學校若發(fā)生資金困難可以延期一個月支付工程款。違約責任為如果三村公司延期則每延誤一天愿罰款10000元，累計計算，三村公司達不到工程質量目標按工程總價百分之五罰款，應用學校違背合同造成違約，則承擔違約金，違約金按總造價5%計算，同時按所欠三村公司工程價款總額計算利息，利息按月息一分計算。同日，應用學校與三村公司簽訂一份《建筑安裝工程施工補充合同》，合同約定，學生公寓樓每平方米工程價格增加18元。2007年5月28日，雙方簽訂一份《補充協議》，協議約定，將“湖北應用技術學校公寓樓”變更為“湖北應用技術學校學生別墅樓”，工程造價變更為每平方米770元，開工日期為2007年5月28日，4棟學生別墅毛坯全部完工時間為2007年6月30日，2007年9月20日交付使用。付款方式為4棟別墅二層封頂后，應用學校于2007年7月10日支付工程款總額的40%，驗收合格交付使用時再支付工程款總額20%；2007年10月31日支付工程款總額20%；2008年10月31日支付工程款總額15%；余下工程款5%在2009年10月31日付清。合同另約定，原2007年4月1日簽訂的《建筑安裝工程施工補充合同》作廢。同日，應用學校與三村公司又簽訂一份《建筑安裝工程施工合同》，合同約定，由三村公司承接應用學校位于鄂州市廟嶺鎮(zhèn)的學生食堂，工程造價為每平方米716元，承包方式為包工包料，工程竣工日期為2007年9月28日。付款方式為食堂兩層完工后，應用學校返還三村公司所交保證金；三村公司施工完食堂一層后，應用學校在7月10日付工程款總額的30%；工程全部完工，經驗收合格所有資料交清，應用學校支付工程款總額30%，三村公司交付房屋給應用學校使用；2007年10月31日支付工程款總額20%；2008年10月31日支付工程款總額15%；余下工程款5%在2009年10月31日付清。應用學校若發(fā)生資金困難可以延期一個月支付工程款。違約責任為如果三村公司延期則每延誤一天愿罰款10000元，累計計算，三村公司達不到工程質量合格目標按有關規(guī)定處罰，應用學校違背合同造成違約，則承擔違約金，違約金按總造價5%計算，同時按所欠三村公司工程價款總額計算利息，利息按月息一分計算。2007年12月13日，應用學校與三村公司簽訂一份《建筑安裝工程施工合同》，合同約定，由三村公司承接應用學校位于鄂州市廟嶺鎮(zhèn)的學校教學樓，工程造價為每平方米920元，承包方式為包工包料包干價，工程竣工日期為2008年6月1日，經驗收合格后，三村公司自愿在竣工之日10日內保證將教學樓交付應用學校使用。付款方式為2008年10月30日支付工程款總額40%，2009年10月30日支付工程款總額50%，余款10%作為質保金，2010年10月31日無質量問題一次性付清，應用學校若發(fā)生資金困難可以延期一個月支付工程款。三村公司承建應用學校的工程屬于全墊資工程，三村公司承建應用學校的工程項目所發(fā)生的一切債權債務與應用學校無關。違約責任為三村公司如果延期交付則每延誤一天愿罰款5000元，累計計算，三村公司達不到工程質量合格目標按有關規(guī)定處罰，應用學校不能按期支付工程款按所欠工程款總額計算利息，按銀行正常利息計算。工程保修期為一年，在保修期內由于三村公司原因造成維修，三村公司在規(guī)定時間內修復，費用由三村公司承擔。達不到上述要求，應用學校有權將保修項目委托其他單位，結算費用從三村公司質保金中扣除。三村公司委托代理人及項目經理袁烽在合同上簽名。合同簽訂后，三村公司組織人員進場施工，在施工過程中，因工程基礎未完成、用水、用電未及時解決等原因導致工程進度遲滯，三村公司承建工程未在合同規(guī)定的時間內完工交付。2007年8月，在施工過程中，因22號鋼筋用完，三村公司使用20號鋼筋代替了部分22號鋼筋用于了學生食堂。2007年9月30日，應用學校向三村公司出具工作聯系函，要求三村公司盡快將四棟學生別墅樓和一棟學生食堂交付學校使用。三村公司委托代理人及項目經理袁烽于2007年10月4日在工作聯系函上簽名。2007年10月30日，三村公司項目經理袁烽向應用學校出具承諾書，承諾應用學校在預支20萬元至25萬元工程款后，保證所有工程于2007年11月25日全部竣工并交付使用。2007年12月13日，三村公司向應用學校繳納教學樓保證金45萬元，2008年7月28日，三村公司向應用學校申請要求對四棟學生別墅及學生食堂進行驗收。2008年9月12日，三村公司向應用學校申請要求對學校教學樓進行驗收。2008年10月，應用學校開始使用建筑物。2009年元月10日，三村公司向應用學校交付了所承建工程的竣工資料各兩份。
2009年12月10日，應用學校與三村公司在湖北省教育廳就工程款結算問題進行協商。雙方協商無果后，應用學校原校長高軍平在省教育廳大門被一伙人強行帶離武漢，其中三村公司項目經理袁烽妻子余寶玉在車內乘坐。在此期間，袁烽曾電話聯系其妻余寶玉。12月11日，袁烽與帶離高軍平的人見面后將高軍平帶至其通山縣的老家。12月12日，高軍平與袁烽簽訂一份《補充協議書》，協議約定，1、將三村公司承接的學生食堂、學生別墅的單價調整至學校行政樓單價（從原來的716元每平方米、770元每平方米調至880元每平方米）2、應用學校收取三村公司的保證金從2008年10月30日起算利息，利息每月4萬元，直至付清為止；3、三村公司欠鋼材供應商32萬元的保證金，由應用學校從2008年10月30日按月息2分半計息付給三村公司，若應用學校未按期支付，則順延計算至付清為止；4、原2006年三村公司交給應用學校的保證金40萬元，應用學校愿意計算72000元利息作為對三村公司的補償；5、應用學校在2007年至2008年所欠三村公司的工程款，應用學校愿意按月息一分計算支付給三村公司；6、應用學校在2009年12月20日之前與三村公司算清賬目；7、三村公司項目經理袁烽在應用學校老校區(qū)的維修費三十萬元，應用學校予以認可，并愿意從2005年12月30日起按月息2分計算利息付給三村公司；8、付款期限為2009年12月13日付給三村公司20萬元；12月18日付10萬元；12月30日付30萬元；農歷十二月之前付110萬元。9、應用學校愿意用學校土地及附屬物和所有財產作為履行債務的擔保。同時袁烽聘請了通山縣通羊法律服務所進行了見證，并出具了一份《見證書》。12月13日，應用學校支付三村公司項目經理袁烽工程款20萬元后，高軍平回到武漢。同日，高軍平前往武漢大學中南醫(yī)院急診科就診，該院診斷為：全身多處軟組織損傷、雙手點狀燒傷。12月16日，高軍平向武漢市公安局武昌區(qū)分局報案，稱自己被綁架并非法拘禁、在被他人脅迫的情形下簽訂了《補充協議書》。
2010年元月30日，應用學校向三村公司發(fā)出工作聯系函，函告內容是，高軍平被脅迫簽訂的《補充協議書》是無效的，同時非法毆打、拘禁、綁架應用學校的校長高軍平是非法的，并要求三村公司更換項目經理袁烽。2010年3月3日，三村公司向應用學校出具函告，因袁烽本人失蹤導致農民工工資、材料款等無法兌現，故要求應用學校中止與袁烽結款，今后的工程轉賬與付款均由三村公司直接辦理。2010年6月9日，三村公司又向應用學校發(fā)函，函件內容是：1、應用學校項目工程，三村公司已授權項目經理袁烽全權負責，應用學?？芍苯优c袁烽聯系工程結算事宜；2、應用學校工程的施工、驗收、付款及2009年12月12日補充協議約定的事項都是應用學校與袁烽協議的，三村公司沒有參與，也沒有收到任何工程款；3、2010年3月3日，三村公司已致函應用學校，就農民工工資問題提出了可行性處理意見。2010年6月17日、6月22日，應用學校向三村公司去函，要求三村公司派人與應用學校協商解決工程遺留問題。
2010年9月10日，武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所對高軍平涉嫌被非法拘禁一案予以立案。2012年4月24日，武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所出具“情況說明”一份，說明袁烽涉嫌非法拘禁證據不足，但高軍平涉嫌被非法拘禁一案至今尚未偵查結案。2012年10月23日，武漢市公安局武昌區(qū)分局水果湖派出所出具證明一份，證明高軍平被非法拘禁一案還在偵查當中，原2012年4月24日出具的“情況說明”無效。
2013年4月5日，本院根據應用學校申請對房屋漏水原因、房屋加固、維修方案進行鑒定，經鑒定機構鑒定學生食堂主體工程需要加固，學生食堂與學校教學樓均存在滲漏。食堂加固工程造價為153189.15元；食堂屋面防水工程造價有兩種方案，按照武漢市房安建筑設計所方案造價為224748.99元，按照原設計圖紙方案造價為368765.98元；教學樓防水工程造價有兩種，按照武漢市房安建筑設計所方案造價為142490.84元（含北墻防水），按照原設計圖紙方案造價為105313.49元。
經雙方當事人核實，三村公司所承建的學生別墅樓面積為1048.76平方米，學生食堂面積為1970.02平方米，學校教學樓面積為1286平方米。依照合同約定工程總造價為3401199.52元。另外在工程施工過程中，因工程量增加，應用學校同意在合同約定之外增加2萬元工程款作為對三村公司的補償。2007年至2009年12月10日，應用學校共支付三村公司工程款2277643元，2009年12月13日至2013年期間，應用學校向三村公司共支付工程款851000元，共計支付3128643元。

本院認為，針對當事人的訴請理由及答辯意見，本案爭議的焦點歸納為：1、工程延期交付的原因？延期交付是由哪一方造成？違約責任應由誰承擔？合同中約定的逾期每天1萬元罰款是否有效？湖北應用學校的本訴第一項訴訟請求是否已超過訴訟時效？2、通山縣三村建筑工程有限公司是否已向湖北應用學校移交工程竣工資料，是否已完成竣工驗收？3、工程是否存在質量問題維修費用如何計算？4、2009年12月12日簽訂的《補充協議書》是否受脅迫而簽訂？該協議是否有效？工程款的結算應按那一份合同執(zhí)行？針對上述爭議焦點，綜合評析如下：
1、關于工程延期交付的原因，延期交付是由哪一方造成，違約責任應由誰承擔，合同中約定的逾期每天1萬元罰款是否有效的問題。
應用學校與三村公司分別于2007年至2008年期間簽訂的三份《建筑工程施工合同》以及學生別墅樓的《補充協議》均是當事人的真實意思表示，且不違反法律規(guī)定，屬有效民事合同，應當受到法律保護，雙方當事人應當按照約定的內容履行自己的義務。根據雙方當事人舉證以及本案事實，施工地點的路未通、施工用水、用電不方便是導致工程工期滯后的原因之一。應用學校做為工程發(fā)包人應當在施工方三村公司進場前確保工程的“三通”。由于施工前未達到“三通”條件，應用學校應對工期滯后負有一定責任。根據合同約定，學生別墅樓及學生食堂由三村公司墊資施工，應用學校應當在三村公司施工過程中返還保證金，但應用學校在收取了三村公司工程保證金后長期不予退還，造成三村公司在施工過程中因資金緊張影響了工期。因此，保證金未按合同約定及時退還也是工程工期滯后的原因之一，應用學校對此負有一定責任。應用學校做為發(fā)包人在工程逾期后應當積極與承包人三村公司友好協商，而不應當采取拖延支付保證金的方式。三村公司做為承包人在承接工程之前應當考慮墊資施工所帶來的風險，因事先考慮不足，施工過程中多方面原因最終導致逾期交房，三村公司也負有一定的責任，故工程逾期雙方均負有責任。從合同的實際履行情況來看，雙方當事人均存在違約行為，三村公司逾期交房，應用學校逾期付款，導致逾期的原因系雙方當事人共同造成。因此，任何一方當事人不能將所有的責任全部推卸給另一方，并要求對方承擔責任。綜上，無論應用學校本訴第一項訴請即要求三村公司承擔逾期交房違約金3550000元是否已過訴訟時效，其訴請依據不足，應不予支持。三村公司要求應用學校支付補償款、賠償損失以及鋼材違約金利息的訴請，因提供的證據與本案無關聯，且訴請依據不足，故該訴請本院亦不予支持。合同中雙方當事人約定每天1萬元罰款雖然是當事人自愿行為，但約定的內容明顯過高，應不予支持。
2、關于三村公司是否已向應用學校移交工程竣工資料，是否已經完成竣工驗收的問題。
根據雙方當事人提交的證據以及本案查明的事實，三村公司已于2009年元月10日將工程資料移交應用學校，應用學校提出該資料屬于不合格資料，但應用學校未提供充分證據予以證明。關于工程是否已經竣工的問題，根據咸寧市中級人民院（2011）咸民三終字第217號民事判決查明的事實以及證人證言，2008年10月應用學校開始使用建筑物。依照《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第十四條第一款第（三）項規(guī)定，建設工程未經竣工驗收，發(fā)包人擅自使用的，以轉移占有建設工程之日為竣工日期。2008年10月，三村公司承建工程已由應用學校實際占有并使用，應視為建設工程已經竣工。因此，應用學校要求三村公司提交合格的工程資料并配合完成竣工驗收手續(xù)的訴請，應不予支持。
3、關于工程是否存在質量問題，維修費用如何計算的問題。
根據雙方簽訂的《建筑安裝施工合同》的約定，三村公司必須對工程質量負責，工程保修期一年，在保修期內由于三村公司原因造成的維修費用由三村公司自行承擔。根據《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第十三條規(guī)定，建設工程未經竣工驗收，發(fā)包人擅自使用后，又以使用部分質量不符合約定為由主張權利的，不予支持；但是承包人應當在建設工程合理使用壽命內對地基基礎工程和主體結構質量承擔民事責任。學生食堂屋面加固屬于主體結構部分，同時雙方對應用學校學生食堂屋面加固改造均無異議，對鑒定的加固費用也未申請重新鑒定，因此，學生食堂屋面加固改造費用153189.15元應由三村公司承擔。對于應用學校食堂屋面及教學樓屋面、北墻漏水的問題，由于應用學校在2008年10月已經占有使用該房屋，根據法律規(guī)定以及合同保修期一年的期限約定，三村公司不再繼續(xù)承擔保修義務。故應用學校要求三村公司賠償因屋面漏水而產生的維修費用的訴請依據不足，應不予支持。
4、關于2009年12月12日簽訂的《補充協議書》是否受脅迫簽訂，該協議是否有效，工程款的結算應按那一份合同執(zhí)行的問題。
根據雙方當事人提交的證據及本院查明的事實，2009年12月10日，應用學校與三村公司協商無果后，應用學校原校長即《補充協議書》的簽訂人高軍平在省教育廳大門被一伙人強行帶離武漢，其中三村公司項目經理袁烽妻子余寶玉在車內乘坐。首先，高軍平是被強行帶離武漢的，其人身自由是被他人限制的，到達通山縣之后，只有高軍平一人與袁烽接觸并簽訂了《補充協議書》；其次，高軍平與袁烽簽訂的《補充協議書》與原《建筑安裝工程施工合同》在內容上有很大差別，《補充協議書》在工程單價、工程款利息、保證金利息、違約金等內容上做了很大的調整，明顯對應用學校不利。第三、雖然高軍平是應用學校校長，但其對原合同做出如此大的調整時不與學校股東及其他負責人商量就簽訂了補充協議明顯與常理不符，且沒有任何證據證明該協議經過了應用學校的同意。2010年元月30日，應用學校發(fā)出工作聯系函表示該《補充協議書》系高軍平個人被迫簽訂，屬于無效協議。同時三村公司向應用學?；睾Q，《補充協議書》系袁烽與應用學校簽訂的，三村公司并未參與。第四、在簽訂《補充協議書》之后，高軍平回到武漢就立即就醫(yī)、并且向武漢市武昌區(qū)水果湖派出所報警，經過醫(yī)院診斷，其確有外傷。三村公司辯解高軍平系袁烽從民工手上解救出來的，簽訂協議時高軍平自愿簽訂，但高軍平從離開通山縣之后就以實際行動表明其簽訂的《補充協議書》不是其真實意思表示并向警方報警。綜合以上情形進行分析，高軍平與袁烽在簽訂《補充協議書》時意思表示不真實，根據《中華人民共和國合同法》第五十四條第二款之規(guī)定，一方以脅迫的手段，使對方在違背真實意思的情況下訂立的合同，受損害方有權請求人民法院變更或者撤銷。因此，應用學校請求法院撤銷《補充協議書》的訴請符合法律規(guī)定，應予以支持。
應用學校在占有使用房屋后，未及時支付工程款應當承擔返還工程款及相應利息的民事責任，雙方應按照原《建筑安裝工程施工合同》以及2007年5月28日簽訂的《補充協議》的約定進行結算。因應用學校不能證明已支付的工程款屬于那一項工程，故拖欠的工程款利息按多數合同的約定計算。應用學校同時依照合同約定返還三村公司保證金及承擔相應利息。三村公司應依法承擔學生食堂的加固費用。
綜上所述，應用學校本訴中請求撤銷《補充協議書》以及要求三村公司承擔維修費用的部分訴請符合法律規(guī)定，依法應予以支持，其他本訴訴請依據不足，本院不予支持；三村公司反訴要求應用學校支付工程款及利息、返還保證金及利息的訴請符合法律規(guī)定，但訴請明顯超出法律規(guī)定部分不予支持，其他反訴訴請依據不足，本院不予支持。本案經審判委員會討論決定，依照《中華人民共和國合同法》第四十四條、第五十四條、第六十條、《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第十四條第三款第（三）項、《中華人民共和國民事訴訟法》第一百四十二條之規(guī)定，判決如下：

一、撤銷高軍平與袁烽于2009年12月12日簽訂的《補充協議書》；
二、三村公司向應用學校賠償學生食堂加固費用153189.15元；
三、應用學校向三村公司支付工程款292556.52元，并承擔利息488172元（利息從2008年10月31日計算至2013年12月31日分段計算，利率按年息12%計算）；返還工程保證金850000元，并承擔利息276335元（利息從2008年10月31日計算至2013年12月31日，利率按同期貸款利率計算）；
四、綜合本判決第二、三項，應用學校于本判決生效后十日內支付三村公司各項費用1753874.37元；
如果未按本判決指定的期間履行給付金錢義務，應當依照《中華人民共和國民事訴訟法》第二百二十九條之規(guī)定，加倍支付遲延履行期間的債務利息。
五、駁回應用學校本訴其他訴訟請求；
六、駁回三村公司反訴其他訴訟請求。
本案本訴案件受理費41578元，由應用學校負擔38215元，三村公司負擔3363元；反訴案件受理費67634.73元，由三村公司負擔47466.73元，應用學校負擔20168元。鑒定費42000元由三村公司負擔15000，應用學校負擔27000元。
如不服本判決，可在判決書送達之日起十五日內向本院遞交上訴狀，并按對方當事人的人數提出副本，上訴于湖北省高級人民法院。上訴人應在提交上訴狀時，根據不服本判決的上訴請求數額及《訴訟費用繳納辦法》第十三條第（一）款的規(guī)定，預交上訴案件受理費，款匯湖北省高級人民法院，開戶銀行：中國農業(yè)銀行武漢市東湖支行，戶名：湖北省財政廳非稅收入財政專戶，賬號：052101040000369-1。上訴人在上訴期屆滿后七日內仍未預交訴訟費用的，按自動撤回上訴處理。

審判長　　廖春花 審判員　　鄒　圍 陪審員　　江　杰

書記員：吳祥勇